Το Φεστιβάλ αυτό ξεκίνησε πριν 60 χρόνια σαν μια άτυπη «εβδομάδα κινηματογράφου» στο πλαίσιο της ΔΕΘ. Η πρόταση έγινε από τη Μακεδονική Καλλιτεχνική Εταιρία «Τέχνη», που είχε ως μέλος του Δ.Σ. τον Παύλο Ζάννα, ιδρυτή της Κινηματογραφικής Λέσχης «Τέχνη», και έγινε δεκτή από τη ΔΕΘ, που ανέλαβε και τη διοργάνωσή της. Η πρώτη Εβδομάδα Ελληνικού Κινηματογράφου πραγματοποιήθηκε από τις 20-26 Σεπτεμβρίου 1960 στο Ολύμπιον, όπου προβλήθηκαν 4 ταινίες μεγάλου μήκους. Στη 2η Εβδομάδα προβλήθηκαν εκτός συναγωνισμού και ξένες ταινίες από χώρες που συμμετείχαν στη ΔΕΘ. Το 1962 επισημοποιείται ο θεσμός με υπουργική απόφαση και το 1963 συζητείται το ενδεχόμενο να μετεξελιχθεί σε ένα Βαλκανικό ή Μεσογειακό φεστιβάλ.
Η 5η Εβδομάδα διεξάγεται στην αίθουσα της Εταιρίας Μακεδονικών Σπουδών και στην 6η Εβδομάδα προστίθεται και ο κινηματογράφος Αλέξανδρος, όπου διοργανώνεται και η πρώτη ρετροσπεκτίβα. Το 1966 η Εβδομάδα μετονομάζεται Φεστιβάλ Ελληνικού Κινηματογράφου, ενώ στο 8ο Φεστιβάλ το Σεπτέμβριο του 1967 έχουμε χούντα και οι προσπάθειες του Παύλου Ζάννα για ένα διεθνές φεστιβάλ με κύρος στη Θεσσαλονίκη ναυαγούν.
Στο 11ο Φεστιβάλ το 1970 προβάλλεται η «Αναπαράσταση» του Θόδωρου Αγγελόπουλου, που θεωρείται η αφετηρία αυτού που θα ονομασθεί «Νέος Ελληνικός Κινηματογράφος», ενώ στο 12ο Φεστιβάλ κάνει αισθητή τη (θορυβώδη) παρουσία του ο β΄ εξώστης. Στο 13ο Φεστιβάλ το 1972 οι νέοι σκηνοθέτες επικρατούν απέναντι στους εμπορικούς παραγωγούς, τους οποίους αποδοκιμάζει πλέον έντονα το κοινό και το 15ο Φεστιβάλ του 1974, ενώ η χούντα έχει πέσει, είναι επεισοδιακό και έντονα ποιλιτικοποιημένο. Το 1977 γίνονται δύο φεστιβάλ, ένα επίσημο στην ΕΜΣ και ένα «Αντι-Φεστιβάλ» στο Ράδιο Σίτυ που οργανώνουν τα σωματεία. Το 23ο Φεστιβάλ το 1982 γίνεται με κυβέρνηση ΠΑΣΟΚ και όλοι μιλούν για την ανάγκη θεσμικών αλλαγών. Στο 25ο Φεστιβάλ η Μελίνα Μερκούρη κάτι λέει για την επικείμενη διεθνοποίησή του.
Στο 27ο Φεστιβάλ το 1986 διορίζεται για πρώτη φορά διευθυντής του: ο σκηνοθέτης Θανάσης Ρετζής, ο οποίος ουσιαστικά οργανώνει το επόμενο με πολλές παράλληλες εκδηλώσεις και ξένους προσκεκλημένους, από το οποίο θα λείπουν όμως οι μικρού μήκους ταινίες που θα προβάλλονται πλέον στη Δράμα. Πριν το 29ο Φεστιβάλ ο Θανάσης Ρετζής παραιτείται. Στο 30ο Φεστιβάλ αναλαμβάνει τη διεύθυνση ο Γρηγόρης Δανάλης. Αλλά το Φεστιβάλ συνεχίζει να παρακμάζει, φτάνοντας μάλιστα στο σημείο ο αριθμός των ταινιών που συμμετέχουν να είναι τόσο μικρός, ώστε να μη δικαιολογεί πλέον ούτε και τυπικά την ύπαρξή του.
Το 1992, στην 33η διοργάνωση το Φεστιβάλ διεθνοποιείται και η διοργάνωσή του μεταφέρεται το Νοέμβριο. Διευθυντής του αναλαμβάνει ο κριτικός και θεωρητικός του κινηματογράφου Μιχάλης Δημόπουλος -το δεύτερο σημαντικότερο πρόσωπο, μετά τον Παύλο Ζάννα, στην ιστορία (εξέλιξης ή /και επιβίωσης) του θεσμού. Διευθυντής στο παράλληλο τμήμα των Νέων Οριζόντων αναλαμβάνει ο Δημήτρης Εϊπίδης.
Στο επίσημο διεθνές Διαγωνιστικό του Φεστιβάλ προβάλλονται μόνο πρώτες ή δεύτερες ταινίες σκηνοθετών, ενώ στο Ελληνικό Τμήμα όλες οι παραγωγές της χρονιάς. Η έμφαση δίνεται στο να προβάλλονται ταινίες και έργα νέων και ανεξάρτητων δημιουργών που δεν έχουν δυνατότητα πρόσβασης στο εμπορικό κύκλωμα διανομής, ούτε και στην αντίστοιχη δημοσιότητα. Και καταφέρνει, χρόνο με το χρόνο, να κερδίσει τόσο το κοινό των σινεφίλ της Θεσσαλονίκης όσο και των υπολοίπων, Ελλήνων και ξένων προσκεκλημένων και να προσδώσει (ένα νέο) κύρος στο θεσμό -ως ένα μεσαίο και περιφερειακό διεθνές Φεστιβάλ Κινηματογράφου βεβαίως. Στη Θεσσαλονίκη.
Το 1998 το Φεστιβάλ εγκαθίσταται μόνιμα στην έδρα του: το «Ολύμπιον» στην οδό Αριστοτέλους, στο οποίο οι δύο αίθουσες προβολής του αρχίζουν να λειτουργούν καθΆ όλη τη διάρκεια της χειμερινής σεζόν με αφιερώματα και ταινίες πρώτης προβολής. Από την επόμενη χρονιά το Φεστιβάλ διεξάγεται πλέον εκτός από τις 2 αίθουσες του Ολύμπιον και σε 4 νεόδμητες αίθουσες προβολής στο Λιμάνι.
Και ενώ τα πρώτα χρόνια του διεθνούς φεστιβάλ έχουν μεν «πληρότητα» οι αίθουσες όπου προβάλλονται οι ελληνικές ταινίες, τα αφιερώματα κάποιων γνωστών σκηνοθετών και σιγά-σιγά των Νέων Οριζόντων (που εντέλει θα γίνει το πιο δημοφιλές τμήμα), μένουν μισογεμάτες οι αίθουσες του επίσημου Διαγωνιστικού που προβάλλουν τις πρώτες ταινίες άγνωστων σκηνοθετών και τα πιο «ειδικά» αφιερώματα. Ώσπου, τα τελευταία χρόνια, το Φεστιβάλ γίνεται «must» και μια νέα γενιά θεατών έρχεται «να δει Φεστιβάλ» γενικώς, γεμίζοντας -σχετικά- οποιαδήποτε αίθουσα.
Το 2005, στο 46ο Φεστιβάλ αναλαμβάνει τη διεύθυνσή του η κα Δέσποινα Μουζάκη, που έχει την ευθύνη και για τη φετινή διοργάνωση. ΜΕ την έμφαση να δίνεται (και) στην «αναπτυξιακή και οικονομική διάσταση» του κινηματογράφου, κατά δήλωσή της. Ίδωμεν.
